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En tiempos del Virreinato, las primeras instituciones educativas de nivel superior eran los seminarios, donde se preparaba a los sacerdotes. Fueron Fray Juan de Zumárraga y el virrey Antonio de Mendoza quienes iniciaron las gestiones para que se fundara la primera universidad en la Nueva España.

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Por cédula real de Carlos I y con la firma de su hijo, el Príncipe de Asturias, el 21 de septiembre de 1551 se creó la Real y Pontificia Universidad de México, que comenzaría sus cursos hasta el 25 de enero de 1553.

En un principio se buscaba que dicha universidad sirviera para educar a los recién “convertidos”; sin embargo, sus altas cuotas ocasionaron que la meta no fuera cumplida y sólo las clases privilegiadas tuvieran acceso a la universidad.

Años después por bula del papa Clemente VIII, la Real Universidad de México alcanzó el grado de Pontificia; sin embargo, esa bula fue perdida en 1595 y no se volvió a expedir sino hasta el siglo XVII.

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La Universidad de Salamanca, la Universidad de Bolonia y la Universidad de París sirvieron de base para conformar el programa y la administración de la Universidad de México, que ofrecía alcanzar el grado de bachiller, licenciado o doctor, pero exclusivamente a hombres, y donde estudiaron los hombres más ilustres de la época.

Durante el periodo de la Independencia, 1810-21, la Pontificia y Nacional Universidad de México comenzó a declinar y no tuvo ya presencia significativa en estos acontecimientos. Después de una serie de clausuras y reaperturas condicionadas por las circunstancias políticas del país, se diluyó hacia 1867.

Hoy existe una Universidad Pontificia bajo el cargo de la Iglesia Católica, pero no parece ser continuidad de aquella de los tiempos novohispanos; y tampoco se puede asegurar que se ha continuado en la actual Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), para la que la Real y Pontifica sirvió como antecedente.